O Doutoramento (3º ciclo) em Biotecnologia tem como principal objectivo preparar profissionais habilitados para promover actividades de investigação e desenvolvimento, buscando soluções inovadoras e originais para o progresso do conhecimento e implementação tecnológica na área da Biotecnologia, especificamente nos domínios da Ciência e Engenharia Alimentar, Ciência e Engenharia do Ambiente, Microbiologia, e Química.
Os programas de doutoramento são desenvolvidos no âmbito das actividades de I&D, que decorrem no Centro de Biotecnologia e Química Fina (CBQF)/Laboratório Associado.