Doutoramento em Teologia Bíblica pela Faculdade de Teologia da UCP - Lisboa em 2007. Mestrado em Teologia Sistemática pela Faculdade de Teologia da UCP - Lisboa em 1995. Licenciatura Canónica (SSL) em Exegese Bíblica no PIB de Roma em 1997. Licenciatura em Teologia na Faculdade de Teologia da UCP - Porto em 1992.
A pesquisa de José Carlos Silva Carvalho tem-se centrado em temas bíblicos, sobretudo do Novo Testamento, privilegiando o conhecimento do Jesus histórico, o período e contexto envolvente, bem como a leitura cultural do texto bíblico. Nos Evangelhos têm sido privilegiados os sinópticos, enquadrados pela hermenêutica dos textos. Tal pretende colocar o texto bíblico em diálogo com a cultura contemporânea, e o mesmo tem sido aplicado aos textos paulinos.
Como membro de comissões científicas de simpósios organizados pelo santuário de Fátima, isto tem permitido estudar a mensagem de Fátima nas suas várias dimensões e protagonistas, sobretudo no fundo bíblico-apocalíptico da mesma.